Вищім керівним органом Всеукраїнської громадської організації “Українська Федерація Кіокушинкай Карате” є Конференція, на яку колективні члени УФКК відряджають своїх делегатів. Чергова Конференція скликається один раз на 4 роки.
В період між проведенням Конференцій керівним органом є Рада Федерації, збори якої проводяться щонайменше один раз на рік.
Поточне керівництво діяльністю федерації здійснює Директорат УФКК, який проводить відповідні збори при виникненні необхідності, проте не менше одного разу на рік.
Управлінням поточною діяльністю керує президент та виконавчий директор.
Поточну діяльність здійснюють співробітники штаб-квартири УФКК та відповідні посадові особи підрозділів Федерації.